合同实质变更法律后果是按照新的协议履行；
合同的变更，主要是在保持原合同关系的基础上，使合同内容发生变化。合同变更的实质是以变更后的合同条款代替了原合同条款，使当事人之间产生了新的权利义务关系。因此，在合同发生变更以后，当事人应当按照变更后的内容履行，任何一方违反变更后的合同内容都构成违约。
合同的变更不能对已履行的部分产生效力，对于已按原合同所作的履行无溯及力，任何一方都不能因为合同的变更而单方面要求另一方返还已经作出的履行。但是，对于已经支付的价款或者报酬(或其他费用)和标的物数量多于变更后的，多收的部分应当返还。
其他法律规定或者当事人约定变更合同时可以免责的。在合同明确规定免责的情况下，只要不违反法律规定，当一方当事人提出变更时，可以不承担赔偿责任。
二、变更索赔是什么意思
变更是指修正设计图纸中的错误、漏项、增减工程以及为优化设计、方便施工发生的变更。
因修正设计图纸中的错误、漏项和改变结构、增减单项工程致使施工单位增减费用以及为优化设计、方便施工发生的变更。主要有：
1.现场实际施工环境与设计图纸不符，主要表现为地质情况的差异、地面横断面变化、分项工程数量差等；
2.业主基于质量、安全、造价、竣工后使用等原因，要求增减的工程项目，以及为满足环保等要求需增设的工程；
3.应地方政府和当地群众要求需增设的工程。
索赔是指在合同实施过程中，因非自身原因造成的工程延期、费用增加而要求业主给予补偿损失的权利要求。
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